一户两个宅基地的确权，在特殊或例外情形下处理方式会有差异：
1、历史遗留多宅：1998年《土地管理法》修订前已合法拥有两处宅基地的，地方政府常制定特殊政策。如1982年《村镇建房用地管理条例》前形成的，来源合法、界限清楚的，可按实际面积确权；1982-1998年间形成的，符合当时审批条件的，可补办手续后确权。
2、规划调整重分配：若两处宅基地在政府规划区域（如村庄撤并、征地范围），确权会优先服从规划。例如村庄搬迁建高速，原两处宅基地可能被征收，政府重新分配新宅基地，原宅基地使用权随征收终止。
3、进城落户自愿退宅：根据《土地管理法》第六十二条，进城落户村民可自愿有偿退出宅基地。若您是多宅村民且已进城落户并自愿退出一处或两处，确权会转为办理退出手续并获经济补偿，与保留宅基地的情况不同。
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《中华人民共和国土地管理法》第六十二条明确“一户一宅”原则，为处理一户两宅确权提供法律依据：“农村村民一户只能拥有一处宅基地，其面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。”这表明一般情况下一户两宅不符合法律要求，确权时需处理多余宅基地。法条还规定“出卖、出租、赠与住宅后再申请宅基地的，不予批准”，反向印证了一户多宅的限制。但因继承等合法原因形成的一户多宅，在不违反面积标准的前提下，可凭继承证明申请确权。此外，“县级人民政府在尊重村民意愿基础上，可采取措施保障户有所居”的规定，也为地方政府制定历史遗留多宅的处理政策提供了法律空间，即地方可在法律框架内对合法来源的多宅情况制定补办确权办法。综上，一户两宅确权需以“一户一宅”为基础，结合来源、面积标准及地方政策综合判断，不符合规定的部分通常无法确权。
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一户两个宅基地确权过程中，可能面临以下法律风险，需提前了解并防范：
1、超面积使用的行政处罚：若两处宅基地总面积超过省、自治区、直辖市规定的标准，根据《中华人民共和国土地管理法》，土地管理部门有权责令退还超占土地，限期拆除超占部分房屋，并处罚款。例如，某村民两处宅基地总面积200平方米，而当地规定最高面积为120平方米，超占80平方米，土地管理部门可对其作出拆除超占部分房屋并罚款的处罚决定。
2、核心居住权益受损：若两处宅基地均不符合确权条件，且无法通过分户、转让等方式合法保留，可能导致部分宅基地使用权被收回，影响居住保障。例如，某村民因历史原因拥有两处宅基地，但均未办理合法手续，且家庭成员未满足分户条件，土地管理部门可能仅对其中一处符合规划的宅基地确权，另一处作为违规用地收回，导致您需搬迁或重新申请宅基地，面临居住不稳定的风险。
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一户两个宅基地确权，通常需遵循“一户一宅”原则处理多余宅基地。以下结合不同情况为您说明：
1、合法继承获得的一处：若其中一处宅基地是通过合法继承获得，在符合当地面积标准的前提下，您可凭继承权证明（如遗嘱、亲属关系证明等）向土地管理部门申请确权登记，但需注意继承后整体宅基地面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。
2、历史遗留多宅的处理：如果是在“一户一宅”政策实施前已合法拥有两处宅基地，部分地区政策允许通过补办手续（如缴纳相关费用、完善审批材料）对两处宅基地进行确权，但需以当地土地管理部门的具体规定为准。
3、超标准面积的处理：若两处宅基地面积均超出当地规定标准，土地管理部门可能责令您退还超占面积，或者按照当地政策缴纳超占费用后对符合标准的部分进行确权。
4、分户后符合条件的情况：如果家庭成员已分户且符合宅基地申请条件，分户后的新户可依法申请其中一处宅基地的使用权确权，但需提交分户证明、户籍材料及宅基地相关证明，经乡（镇）人民政府审核批准后办理确权手续。

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